Онисим народився у Фіатирі. Батьки його були шанованими людьми. Але його батька спіткало нещастя. Юний Онисим залишився сиротою.
Він опинився у важкому становищі – кредитори батька продали юнака, як свого раба, на фабрику з виробництва пурпуру. Там він досить швидко ознайомився з ремеслом виготовлення пурпуру. Але оскільки хлопець був безтурботного характеру, то головний розпорядник фабрики, вважаючи його некорисним, або взагалі непридатним для цієї справи, знову вивів його на продаж.
Один благородний житель м. Колоси, Філімон, зворушений його сумним становищем, зі співчуття купив його. Невдовзі Філімон з дружиною Апфією і сином Архипом і з кількома своїми рабами був навернутий у християнство Епафрасом, учнем апостола Павла. Онисим з раннього дитинства постійно спілкувався з християнами, вони ставилися до нього з добротою і особливою увагою, що яскраво відрізнялося від грубого ставлення язичників до своїх рабів, на яких вони дивилися, як на своїх домашніх тварин.
Колоси було місто невелике, провінційне, а тому небагате і не могло надати таких розваг і задоволень, як Фіатира або сусідній багатий Ефес. Онисим, по своїй безтурботній молодості, тільки й думав про веселе життя. Він часто згадував, що він є сином почесного благородного батька, а зараз – раб.
Народжений вільним, він прагнув до свободи. І одного дня Онисим, скориставшись тимчасовою відсутністю пана, викрав кілька золотих монет і втік до Риму. Але грошей Онисиму вистачило ненадовго. Він дійшов до крайньої убогості і почав чинити злочини, за що і був кинутий у в’язницю, де у той час перебував святий апостол Павел.
Апостол звернув свою увагу на розумного від природи і з гарними задатками парубка. А Онисим допомагав хворобливому знаменитому в’язню. Онисим був наставлений ним в істинну християнську віру і охрещений. Він ясно усвідомив, що насправді раб не той, хто служить іншій людині, а той, хто служить гріху, а вільним може стати лише той, хто служить Господу. Вже потім апостол Павел писав у посланні до Филимона про покаяння Онисима, і передав з юнаком, який уже відбув строк покарання.
Филимон, одержавши Послання від апостола Павла, покликав до себе колишнього свого раба, утікача Онисима, та щиро пробачив його. Незабаром і святий Павел був звільнений з ув’язнення. Він відвідав Филимона, котрий на честь і благородну пам’ять відвідання його великим Апостолом дав свободу як Онисиму, так і іншим своїм рабам-християнам.
Онисим з того часу волів присвятити своє життя апостолу Павлу, з яким він і вирушив на проповідницькі подвиги. Це було незадовго до страшного гоніння на християн у 64 році. Чутки про гоніння досягли апостола Павла, коли він з Онисимом був у Коринфі.
Апостол Павел вирушив на острів Кріт, де він був потрібен через появу там небезпечних єретиків. А до Риму вирушив Онисим для заспокоєння і заохочення тамтешніх християн, саме ім’я яких для язичників було нестерпне. Усі римські в’язниці були переповнені віруючими в Христа. Темниці перетворилися на церкви, а таємні богослужіння відправлялись у катакомбах. Онисим безтрепетно відвідував християн у цих темницях і катакомбах, де багато хто з них знаходив для себе тимчасовий притулок.
Після мученицької смерті святого Апостола Павла, за пізнішими оповідями Симеона Метафраста, Онисим з Риму був у Іспанії, потім в Колосах, Патрах (у Греції), звідти відбув до Ефесу, де після святого Тимофія був єпископом. Але вже після кончини святого Іоанна Богослова він його замістив. Отже, він прийняв Ефеськую кафедру на початку ІІ століття. Ледве рознеслася чутка в східних країнах про засудження святого Ігнатія на розтерзання левами, як з різних міст, що лежать на шляху з Антіохії до Риму, прибули на зустріч з глибоко шанованим святителем представники різних східних церков.
Від Ефеської церкви посланим був епископ Онисим, який вже був у літах, надзвичайно скромний і покірливий, до якого Ігнатій відчував щиру любов. У згаданому посланні він писав:
“і ось я в ім’я Божіє прийняв численне товариство ваше в особі Онисима, чоловіка невимовної любові, вашого єпископа… любіть його, благаю вас ім’ям Іісуса Христа і всі будьте подібні йому…”.
Про місце кончини святого Онисима різні перекази. За одними з них, незабаром після смерті Ігнатія, Онисим був доставлений до Риму, де за наказом єпарха Тертулла, після жорстоких катувань був засуджений до смертної страти, а за іншими – святий Онисим був побитий камінням. У апостольських посланнях (кн. 7 гл. 46) святий Онисим був єпископом у Верєї (Берії) Македонській.
Архієпископ Серій припускає, що було два святих Онисима: один з них був побитий камінням в Римі, а інший – обезглавлений в Путеолах. Тіло святого мученика апостола Онисима було таємно узяте християнкою царського роду і покладене у срібну раку. Російський паломник ігумен Антоній, який був у Константинополі в 1200 році, бачив раку з мощами святого апостола Онисима в храмі його імені присвяченому.
Пам’ять святого Апостола Онисима відзначається 15 лютого і зі святим Филимоном 22 листопада, а також 4 січня в Соборі святих 70-ти Апостолів.